Comprendre l’assemblage hôte-microbiote par une stratégie d’intégration de données multi-omiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe MuSe de l’unité de recherche GenPhySE ou au sein de l’axe BioComp de l’unité de recherche MIAT (Centre de Toulouse). L’objectif des biologistes de l’équipe MuSe est d’étudier les interactions entre le microbiote et son hôte pour promouvoir la santé digestive. L’objectif des membres de l’équipe BioComp est de développer des méthodes statistiques et informatiques pour fournir des clés de compréhension permettant de décrypter la complexité du vivant depuis l’échelle moléculaire jusqu’aux traits phénotypiques.

L’animal et ses microbiotes forment un organisme composite appelé holobionte. En particulier, le microbiote intestinal joue un rôle central dans la transformation des nutriments, la production de métabolites d’intérêt et la résistance aux agents pathogènes. Face aux enjeux de transition agroécologique, la sélection des animaux d’élevage robustes et adaptés à des systèmes variés constitue un défi majeur. Une approche intégrative à l’échelle de l’holobionte combinant génétiques de l’hôte et de son microbiote, apparaît particulièrement prometteuse. Comprendre les mécanismes de sélection du microbiote par l’hôte et les interactions fonctionnelles entre partenaires symbiotiques est ainsi un levier pour améliorer la sélection des animaux et optimiser leurs performances et leur résilience. Dans ce contexte, un jeu de données a été constitué à partir de deux lignées de porcs sélectionnés sur la composition de leur microbiote intestinal (doi : 10.1186/s40168-024-01827-8) et élevés dans des environnements contrastés (systèmes conventionnel et agriculture biologique). Ces données incluent des informations multi-omiques caractérisant l’hôte et son microbiote intestinal, notamment des données de métagénomique, de métabolomique, de transcriptomique et des données phénotypiques.

Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse d’intégration de ces données afin de décrypter les mécanismes d’assemblage hôte-microbiote :

• analyse de l’impact de la génétique et de l’environnement sur le microbiote, le métabolome et le transcriptome de l’hôte et interprétation fonctionnelle des résultats
• développement d’un modèle pour l’inférence des associations microbiotes/ métabolomique et transcriptomique (pouvant aller jusqu’à un modèle prédictif si les données les permettent)
• (éventuellement) analyse de la transcriptomique en cellules uniques pour comprendre l’impact de la génétique ou de l’environnement sur le fonctionnement des cellules de l’épithélium intestinal

possibilité de télétravailler jusqu’à 2 ou 3 jours par semaine

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : idéalement une formation en statistique avec une expérience doctorale en lien avec la biologie ; les candidatures de docteur-e-s en biologie ou bioinformatique avec une expérience solide en analyse de données pourraient aussi être considérées

Connaissances souhaitées : statistique exploratoire, idéalement en analyse multi-modale ; biostatistique ; bon niveau en programmation R ; expérience dans l’analyse de données de transcriptomique ou de métagénomique

Expérience appréciée : une bonne connaissance des méthodes de versionnement (en particulier git) et des bonnes pratiques pour la reproductibilité seraient un plus ; une connaissance des données en cellules uniques seraient également un plus

Aptitudes recherchées : organisation, aptitude au travail en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d'activités sportives et culturelles ;
• d'une restauration collective.